Loazes crea el colegio de dominicos, en 1547, con la finalidad de impartir enseñanzas a frailes de la Orden de Predicadores. Quizá éste hubiese sido su único destino de no haberse producido una serie de circunstancias que ampliaron, posteriormente, la labor docente que debía desarrollar. El prolongarse la vida del fundador -durante veinte años- y seguir ascendiendo en las dignidades eclesiásticas, que le proporcionaban abundantes medios económicos destinados al Colegio de Orihuela, produce el deseo de aumentar los fines docentes diseñados en un principio. Antes de que falleciese Loazes, en 1568, el magno edificio del Colegio estaba bastante avanzado, y ofrecía unas condiciones espléndidas para la enseñanza; existía también la posibilidad de que se formasen otros religiosos e incluso los seglares. Probablemente el fundador intenta conseguir del pontífice que se apruebe la creación de una universidad pública; quizá tenga relación con este deseo el envío a Roma del P. Forcadell, en 1565, concertando su viaje con el Provincial de la Orden y con Loazes. No obstante los documentos no son explícitos sobre este asunto que, sin duda, comenzó a gestarse en vida del fundador. La elección de un dominico como pontífice, Pío V, satisface los deseos de Loazes creando la Universidad o estudio general, en el Colegio de Nuestra Señora del Socorro y San José de la ciudad de Orihuela, mediante Bula otorgada el 4 de agosto de 1569, al tiempo que Juan de Loazes es nombrado Rector Perpetuo del Colegio.
       El privilegio de la Universidad posibilita la enseñanza de Teología, Derecho Civil y Canónico, Filosofía, Medicina, Matemáticas, etcétera, tanto a religiosos regulares como a clérigos seculares y laicos. Se podrían conceder los grados de Bachiller, Licenciado, Doctor y Maestro en las materias que se impartiesen, teniendo igual validez que los expedidos por las universidades de Valladolid, Sevilla, Alcalá de Henares, Salamanca, y Estudio General de Valencia, y gozando de los mismos privilegios, inmunidades, libertades, exenciones, gracias e indultos que les habían concedido otros papas. Al crearse la Universidad Pontificia poco después del fallecimiento de Loazes, que no había variado durante su vida las cláusulas fundacionales del Colegio, se produce una dualidad muy problemática. Las órdenes de fundación de éste sólo contemplan la existencia de un centro docente para frailes dominicos, y las rentas de los bienes donados se tenían que aplicar a la construcción del edificio y manutención de los religiosos que debían habitarlo; no contempla que se realicen gastos de otro tipo, e incluso los objetos y libros que entrega son propiedad del Colegio. Este planteamiento provoca que durante muchos años los dominicos no aprovechen la concesión de San Pío V, creando la Universidad, y se limiten a la actividad docente a favor de los colegiales de su Orden. Los dominicos están dispuestos a que en las aulas del Colegio se impartan enseñanzas universitarias, para clérigos y seglares, pero no a pagar el profesorado necesario pues no tenían obligación de hacerlo; de hecho la Universidad se había creado sobre el papel, sin bienes ni rentas propios. Por esta causa se producirá siempre la dualidad entre Colegio y Universidad; el primero gozará de cuantiosas rentas, amplio edificio y rica biblioteca, mientras que la segunda utilizará de prestado las aulas y los libros, y carecerá de fondos propios para su mantenimiento.
       La Universidad no funcionará hasta principios del siglo XVII, en concreto 1610, después de que se produzcan varios intentos de concordia entre el Colegio de Predicadores, Cabildo Catedral y Consejo de la Ciudad sobre el pago de catedráticos y nombramiento de cargos universitarios. A su precaria situación económica se añade que los títulos académicos, otorgados por la Universidad, no tendrán validez oficial hasta que se consiga la aprobación real, que fue concedida por privilegio de Felipe IV el 30 de noviembre de 1646, a pesar de la insistente presión que ejercía la Universidad de Valencia en contra de este reconocimiento. El Rey encarga en 1653 al obispo de Orihuela, D. Luis Crespi de Borja, la redacción de los estatutos de funcionamiento de la Universidad que serían aprobados por Felipe IV en marzo de 1655.
En aquella época se leían en la Universidad diversas cátedras de Teología, Cánones, Leyes, Medicina y Artes. No obstante, la validez oficial de estos estudios se ponía en evidencia por algunas instituciones, así los graduados en Medicina no se admitían en la Universidad de Valencia donde se debían volver a graduar, y los religiosos agustinos hacían lo mismo con los frailes de su Orden que allí estudiaban Teología; ante la gravedad de estos hechos la Universidad y Estudio General de Orihuela, el Obispo y los Jurados de la ciudad se dirigen al Rey que, en septiembre de 1653, confirma los privilegios concedidos y la validez de los estudios que en ella se realizasen.
        La Universidad de Orihuela ha sido objeto de un magnífico trabajo del Dr. Mario Martínez Gomis, profesor de la Universidad de Alicante, donde estudia profundamente el período de 1610-1807, publicado en 1.987. También la Dra. Lucrecia de la Viña realizó años antes, un espléndido trabajo sobre "La enseñanza en Orihuela en el siglo XVIII", editando en 1978 la parte correspondiente a la docencia universitaria. A ambos estudios remito al lector interesado en profundizar sobre este tema y me limitaré a señalar, brevemente, la desaparición de nuestra Universidad.
A los problemas económicos que durante toda su existencia sufrió la Universidad de Orihuela se une, durante la época de la Ilustración la cerrazón a cualquier reforma de la enseñanza; convirtiéndose en un centro docente más teórico que práctico, que huía de una renovación muy necesaria para la enseñanza. La crisis económica de la segunda mitad del XVIII también influye en la pobre dotación del profesorado, impidiendo que hombres de prestigio impartan clases a cambio de reducidos estipendios. Se convierte así la Universidad en un centro deficiente que con facilidad otorga títulos a los alumnos poco preparados. El poder de José Moñino, Conde de Floridablanca y antiguo alumno de ella, como Ministro y Secretario de Estado de Carlos III, parece que influyó en la continuidad de nuestra Universidad durante algunos años. Incluso se introducen algunas reformas a fines del siglo XVIII, sin embargo era inexorable que se acercaba el principio del fin.
        El plan Caballero, de 1807, suprime las universidades de Almagro, Avila, Baeza, Gandía, Irache, Oñate, Orihuela, Osma, Osuna, Sigüenza y Toledo. En 1814, después de la Guerra de Independencia, se restablecen algunas entre las que se encuentra la de Orihuela, que funcionaría diez años más sin las facultades de Medicina y Leyes, hasta que es suprimida definitivamente en 1824. Permanece durante este tiempo la enseñanza del colegio de dominicos, que también tiene sus días contados, pues la desamortización eclesiástica de 1835 y la abolición y exclaustración de las órdenes religiosas ocasiona la desaparición de este centro de estudios superiores fundado por Loazes en 1547.
        El edificio del Colegio pasa a propiedad del Estado y durante algunos años el Ayuntamiento se ocupa de su conservación, del cuidado de la espléndida biblioteca y el establecimiento de una escuela de magisterio. No parece que pusiese mucho empeño en estos cometidos y años después habían casi desaparecido las enseñanzas que se impartían; el Estado se ocupará del mantenimiento de la biblioteca y finalmente el edificio es cedido a la Diócesis de Orihuela, a instancias del obispo D. Pedro M' Cubero y López de Padilla, a raíz de la visita realizada a Orihuela en 1862 por la reina Isabel II.